实验用短程分子蒸馏仪的分离就是利用液体分子受热后从液面逸出，而不同种类分子逸出后其平均自由程不同这一性质来实现的。轻分子的平均自由程大，重分子的平均自由程小，使得轻分子落在冷凝面上，重分子因达不到冷凝面而返回原来液面，这样混合物就得以分离。这是可以从统计学观点来解释，其逸出液面后不与其他分子碰撞的飞行距离是不同的。由分子蒸馏的基本原理可以看出，分子蒸馏是一种区别于常规蒸馏的非平衡状态下的特殊蒸馏。
实验用短程分子蒸馏仪使用时注意事项：
1.仪器初次使用时，建议采用纯水或蒸馏水以防长时间使用有水垢结成分子蒸馏仪，高液位加至液位窗红色标示线，可循环使用半年以上。若液位低于黄线冷却效果差，再次加水是不要超过红色标示线。
2.蒸馏瓶与冷凝瓶连接处密封良好，蒸馏瓶顶部密封塞通过软管与电磁阀有效连通，防止漏气。
3.实验过程中，托盘附近禁止放其他杂物，以免影响称重的准确性。
4.当夏季室温高于25℃时，制冷效果会下降，建议外接制配套冷装置或接自来水降温冷却。
5.当冬季室温低于0℃时，需要做好仪器的防寒保暖工作以防止冷凝装置发生爆裂导致无法使用。
6.若有其他需要请用时间控制模式进行。
7.对于两次连续蒸馏实验，为保证冷凝效果，次试验结束后，冷水循环的开关不要关闭。
